고유유전체학 기반의 고대 생명체 게놈 재구성 및 비교 분석 방법론

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문서 역사

고유유전체학은 화석화되거나 퇴적층에 보존된 고대의 생물 잔해에서 직접 추출한 DNA(aDNA)를 연구하여 과거 생명체의 유전 정보를 복원하고 진화적 관계를 밝히는 학문이다.

aDNA 라이브러리 구축 및 시퀀싱

  • 퇴적물에서 얻은 낮은 농도의 고대 DNA를 대상으로, DNA 단편화를 최소화하고 PCR 증폭의 편향성을 줄이기 위해 특수한 aDNA 라이브러리 구축 프로토콜이 필수적으로 적용된다.
  • 높은 수준의 배경 잡음과 DNA 손상(특히 염기 변형) 문제를 해결하기 위해 차세대 염기서열 분석(NGS)을 수행하며, 이를 통해 유전체 전체의 커버리지를 확보한다.

진화적 해석 및 게놈 복원

복원된 조각난 유전체 정보를 이용하여 최소 간격 최대 신뢰도(Minimum Spanning Tree) 등의 알고리즘을 적용하여 누락된 부분을 추정하고, 다양한 계통분류학적 모델과 비교함으로써 고대 생물의 유전적 역사와 진화생물학적 적응 과정을 추론한다.