전장 전사체란 특정한 조건 하에 있는 세포 및 조직에서 발현되는 mRNA, 비단백질 코딩 RNA들을 모두 포함한 전사체의 총체를 말합니다. 전장 전사체 분석은 유전자 구조와 기능 연구의 기초가 됩니다. 차세대 시퀀싱 기술을 바탕으로 RNA-Seq은 기초과학연구와 의학 연구, 신약 개발을 포함한 많은 여러 연구분야에서 활용 될 수 있습니다.
RNA-Seq으로 가능한 전사체 연구 범위들
2. 정확한 유전자 구조 예측 : 5', 3'UTR의 정확한 위치(full-length mRNA), 인트론의 정확한 바운더리 위치 파악, 선택적 스플라이싱, 시작 코돈.
The transcriptional landscape of the Yeast genome defined by RNA sequencing.
Nagalakshmi et al., Science, 2008, 320,1344
3. 비단백질 코딩 RNA 발굴 : 비단백질 코딩 RNA, microRNA의 전구체 등.
4. RNA-Seq의 경우 마이크로 어레이 방식의 신규 선택적 스플라이싱(Alternative splicing) 전사체 발굴 보다 약 25% 정도 많이 찾음. A Global View of Gene Activity and Alternative Splicing by Deep Sequencing o...
Fig. 2 RNA-Seq versus microarrays.
5. 퓨전 유전자 발굴: 특정 조직에서 질병과 관련된 퓨전 유전자를 차세대 유전체 시퀀싱 기술(NGS)를 통해 발굴 할수가 있다.
Transcriptome sequencing to detect gene fusions in cancer.
Maher CA. et al. Nature 2009 458 97-101
Fig. 3 RNA-Seq detect fusion genes
6. 정확한 RNA 발현량 확인 가능: 세포 및 조직에 있어서 매우 낮은 발현량을 보이는 전사체(Low-abundance transcripts) 여러개에서 부터 높은 발현량(high-abundance transcripts)을 보이는 수십만개까지도 서로 구분하여 그 발현 차이를 정확하게 확인 가능한 기술.
예일 대학에서 한 연구랩은 qPCR과 RNA-Seq을 동시에 34개의 유전자(낮은 발현량/높은 발현량을 보이는 유전자를 포함)에 대해 결과를 비교하여 상관성을 조사하였다. 그 결과 상관성 결과가 약 R= 0.9775로 매우 높게 나옴을 볼수가 있었다.
자주 묻는 질문 및 답변 (FAQ)
1. RNA-Seq을 위해 필요한 샘플 농도 및 양은 어떻게 됩니까?- RNA 샘플
양: 10ug ~ 20ug 이상 - 흡광도 측정값: OD260/280:1.8 ~ 2.2, 28S/18S > 1.8, RIN 〉82.
원핵생물(박테리아)의 전사체도 분석할 수 있나요? 가능합니다. 전체 RNA가 아닌 정제된 mRNA 또는 cDNA로 샘플을 보내주시면, 해독 및 분석이 가능합니다.
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