친족성 기반 단백질 구조 모델링

친족성(상동성)기반 단백질 구조 모델 만들기(Modelling protein 3D structures using homology)
서열일치도가 약35%이상인 단백질은 그 상동성을 활용해, 3차원 구조를 컴퓨터로 만들어 낼수 있다.이것은 많은 시간과 돈을 사용하여, X-ray를 이용한3차원 구조 해석보다 무척이나 효율적인 방법으로 자신이 가지고 있는3차원 단백질 구조를 만들수 있다는 말이다.이것을 상동모델링(Homology modelling)혹은 비교모델링(Comparative modelling).
3차원 구조를 컴퓨터만 가지고 만드는 핵심 절차는 다음과 같다.

1.자신의 서열을PDB구조 데이터베이스와PSI-BLAST, Threading등의 방법을 사용하여 비교하여,가장 상동성이 높은3차원 구조(template)을 찾아 낸다.
    * PSI-BLAST는Blast알고리듬을 개선시킨 것으로 상동성이 미약한 단백질 친척을 잡아낸다.일반Blast에 비하여,약2-3배의 민감도를 가지고 있다.
2. PDB로부터3차원 틀 단백질의 좌표를 받는다. http://www.rcsb.org에 가면, 3차원 좌표를 얻을수 있다.이때,단백질 구조 이름을 알아놔야한다.일반적으로PDB는1abc와 같은 이름을 가지고 있다.
3.  1번 순서를 통해,서열 검색을 할때,정렬 정보도 발생하므로,그것을 사용하여,자신의 단백질과3차원 단백질에서온 틀의 서열을 정렬시킨 파일을 만든다.
4. Modeller라는 많이 쓰이는 프로그램을Linux나 윈도즈 환경에서 돌린다.이때,모델러는 자동과 수동방식을 제공하는데,주로 자동방식을 쓴다.
   4.1. Modeller는 세가지의 입력 파일을 필요로 한다.하나는 정렬파일이고 다른 하나는 명령체계가 들어간 명령파일이다.마지막으로PDB좌표 파일이다.그것들은 각각“.ali”, “.top”, “.atom”이라는 확장자를 가지고 있다.